【秘籍】RNA提不好?这些技巧快收好

作者: BEIWO市场
发布于: 2022-05-25 17:28
分类: 行业动态
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RNA提不好?

作为一名繁忙的研究僧,

每天泡在实验室,

不是做实验就是看文献,

实验若是进展不顺利,

发表SCI论文遥遥无期,

心都凉了半截…

SO
那么,RNA有那么难提吗?

小倍走遍天下,为各位忙碌在实验台前的大侠搜集全国各地能人异士的妙招,总结以下几点:

情景
01
image.png基因组污染

在RNA条带上方有细细的DNA条带,单一且亮

小倍锦囊①

◆减少起始组织样品的量可避免基因组污染;也可增加裂解液用量。

◆脾脏、胸腺等组织中的核酸含量较高,可进行多次酚氯仿抽提,去除多余的DNA;也可在得到的RNA溶液加入RNase-Free的DNase Ⅰ处理,处理后得到的RNA可直接用于下游实验。

情景
02
RNA降解
image.png
image.png

RNA条带呈现小条带量多,大条带量少,主带不清晰

小倍锦囊

●一定要将裂解液覆盖住细胞、组织。

●新鲜组织富含内源性核酸酶(如肝脏、胸腺等),需要液氮将组织研磨碎,且匀浆时使用更多裂解液。

●尽量选择新鲜的样品,幼嫩新鲜的材料RNA完整且含量高,衰老或病害等受损的材料中RNA降解较为严重。样品取材后应立即置于液氮中速冻,然后再转移至-80℃冰箱中保存。样品决不能未经液氮速冻而直接保存于-80℃冰箱中。材料不宜长期保存,且避免反复冻融。冷冻样品,即使是冷冻细胞,如果不在液氮下研磨,而直接加入裂解液匀浆,RNA也比新鲜样品更容易降解。样品在与裂解液充分接触前决不能出现融化,所以研磨用具必须预冷,在碾磨过程中要及时补充液氮。样品研碎后,在液氮刚刚挥发完时,将样品迅速转移到含裂解液的容器中,立即混匀匀浆。

●减少样品处理量,样品处理一定要快速。

●提取所用的玻璃器皿可通过高温灭活(160℃,4 h)去除RNase。RNA样品接触的所有塑料制品(tips、电泳槽、移液器)等,都需DEPC或NaOH处理来去除RNase后才可使用。人的皮肤、汗液、呼出的气体含有大量RNase,操作人员需要经常更换一次性手套,穿戴实验服。

情景
03
image.png得率低或没有提取成功
小倍锦囊

☆减少样品处理量,增加裂解液使用量,增加匀浆和裂解时间。

不同组织和细胞中RNA的丰度不同,如肝脏、胰腺、心脏等富含RNA(2-4 μg/mg),脑、胚胎、肾脏、肺、胸腺、卵巢等是中丰度组织(0.05-2 μg/mg),膀胱、骨、脂肪等是低丰度组织(< 0.05 μg/mg)。根据样品提取RNA的难易程度决定初始样品处理量。

☆对于RNA含量较低的纤维组织(肌肉组织或纤维素较高的植物组织)可适当提高起始材料的用量;蛋白和脂肪含量较高的材料,可用氯仿对上清再次抽提。

☆收集细胞时,请注意尽量去除培养液。

☆样品处理:

a植物、真菌:液氮研磨,加入裂解液后快速匀浆;

b动物组织:匀浆or液氮研磨,加热,加入蛋白酶K(例如肝脏组织)裂解;

c革兰氏阳性菌、阴性菌:溶菌酶;

d酵母:玻璃珠+溶壁酶;

RNA检测的方法主要还是电泳法:一般情况下,使用1%-3%的琼脂糖凝胶电泳,可看到完整的28S和18S条带。如果不是EB染料,建议不要使用2%以下的琼脂糖凝胶常规电泳,可能导致条带分不开;亦可使用变性电泳(MOPS Buffer),只有在变性条件下,RNA分子完全伸展,其电泳率才与分子量成正比。

 

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