病毒上清液中含有质粒，换液后觉得没有去除干净，上清液用0.45 um过滤器过滤，通过V1172纯化得到病毒样品。检测质粒是否去除干净：1.PCR扩增，以样品为模板，电泳有条带；2.用RNA提取试剂盒提取样品中的RNA，没做RT，能扩增出目的条带；3.DNase消化病毒样品前后，用qPCR检测，发现消化前Ct值在12，消化后Ct值在32.由此得出质粒并没有去除干净的结论，对吗？

我们的RV mini Column不吸附质粒DNA。关于检测的3种方法，第一，PCR在变性步骤时，已整合到病毒基因组上的片段会因为加热病毒破裂释放出来；第二，逆转录病毒一般是RNA病毒，多具有逆转录酶，所以即使没有人为的反转录步骤，自行反转录；建议：第7步，最后一步，将样品加入至centrifugal filter，3000 rpm，4度离心10 min，剩余500 uL，加入PBS3.5 mL，3000rpm在4度离心10 min。可以用PBS洗涤2-3遍，病毒不会损耗，但有利于去除核酸片段。一般而言，病毒纯化之后不会去检测是否含有质粒，不知道客户下游实验做什么需要这个要求，目前国内外还没有这一特殊步骤来去除质粒的。